舰船搭配是决定战斗胜负的关键因素之一。合理的舰队组合不仅能提升作战效率，还能在资源有限的情况下最大化战力。护卫艇和驱逐舰是前期不可或缺的组成部分，它们成本低、建造快，适合快速形成战斗力。尤其是刺水母级和斗牛级驱逐舰，凭借高机动性和稳定输出，能有效应对早期野怪和资源争夺。中后期则需要逐步加入巡洋舰和战列巡洋舰，例如光锥级和康斯坦丁大帝级，它们能提供更强的火力和生存能力，成为舰队的中坚力量。
航母和支援舰是后期舰队的重要补充。太阳鲸级航母凭借强大的舰载机群，能对敌方舰队造成持续压制，而苔原级和谷神星支援型则能为舰队提供稳定的维修和补给。需航母虽然强大，但需要搭配足够的护卫舰保护，避免被敌方高机动单位针对。维修舰的加入能显著延长舰队的持续作战能力，尤其在长时间的战斗或联盟战中表现突出。
能量武器如离子炮能有效克制装甲型舰船，而实弹武器则适合对付护盾较高的目标。红宝石脉冲炮型护航艇和卡利斯托集束鱼雷舰是针对性输出的优秀选择，能根据敌方阵容灵活调整。区域防空型舰船如枪骑兵防空型，能有效抵御敌方战机和护航艇的骚扰，确保主力舰的安全。
高速舰船如雷里亚特级适合组成快速反应部队，用于突袭或包夹，而低速高火力的战列舰则适合正面推进。合理利用增援指令，将高人口舰船如ST59或大帝级增援到关键战场，能大幅提升战术灵活性。没有绝对完美的搭配，只有根据战况不断调整的战术思维。
